La historia de Hontoria se pierde en la noche de los tiempos. Las grutas llamadas “Cueva Blanca” (fragmentos de vasijas neolíticas), “Matalacueva”(Edad del Bronce ) y “Cueva de los Morciguillos”(restos del Paleolítico), estuvieron habitadas por pobladores prehistóricos, así como diversos abrigos y grutas del Cañón del Río Lobos.

Las investigaciones arqueológicas han demostrado la localización de dos poblados celtibéricos: en el cerro “El Castro” así como un emplazamiento defensivo en el Pico de Navas con tres recintos amurallados.

El profesor Sánchez Albornoz cita restos romanos en el pueblo: el “Puente Campanario”, soldado a una ingente roca que salva el río Lobos, como eslabón de la ruta de un antiguo camino romano y dos fuentes romanas.

Existen documentos medievales analizados por el historiador burgalés Gonzalo Martínez Díaz, mencionando el pueblo como Fonte Aurea y posteriormente Fontoria. En el siglo XI figura como capital de Alfoz y con un torreón defensivo en el cerro “El Castillo” y en cuya ladera sur se yergue la ermita románica de San Juan. Un poblado, ya desaparecido, se menciona documentalmente como Costa de Lago (Costalago).

En el siglo XV, de acuerdo con testimonios escritos, se comprueba la participación de carreteros de Hontoria, Navas y La Aldea entre las 4.000 carretas de bueyes movilizadas para la Guerra de Granada (1481 a 1492) transportando armas, municiones y avituallamientos.

La Guerra de la Independencia dejó una profunda huella en Hontoria, con varios combates. El de 3 de abril de 1810 “por la cuesta y calles de Ontoria”, en versión firmada por el guerrillero Jerónimo Merino (El Cura Merino). El bicentenario se ha rememorado en el pueblo el 14 de mayo de 2011. Otro combate, narrado entre la historia y la leyenda es el de Costalago, que el historiador Rodríguez Solís lo define como “la batalla o emboscada de Hontoria del Pinar”. Una tercera acción bélica fue a cargo de los guerrilleros de “El Empecinado”, en el Camino Soriano, en tramo próximo a Aldea del Pinar en enero de 1809.

La primera Guerra Carlista registra un acontecimiento bélico en el pueblo, el 21 de mayo de 1835. Jerónimo Merino con una tropa muy elevada, cercó y atacó Hontoria , J.M: Codón eleva la cifra a 1000 hombres.

Los habitantes de Hontoria, como los viejos castellanos medievales, con vida azarosa de trinchera y frontera en la Región de Pinares, nunca se doblegaron ante las adversidades. Ejercitando ese espíritu indomable de trabajo, esfuerzo y fe en futuro, han forjado la historia de este entrañable pueblo.

Nota: Extracto del libro. Hontoria del Pinar y sus aldeas: historia, economía y tradiciones. José María Álvaerz de Eulate Peñaranda. Edición Diputación Provincial de Burgos y Ayuntamiento de Hontoria del Pinar.2002.